Atlantský oceán, který omývá západní a jižní hranice Portugalska, má značný vliv na portugalské klima. Sever země se vyznačuje spíše mírným a vlhkým podnebím, jih je převážně suchý a subtropický. Průměrné teploty však dosahují nižších hodnot než podobně ležící místa Středomoří a v porovnání s nimi zde také spadne více srážek. Na severu Portugalska trvá suché období bez srážek přibližně 2 měsíce, na jihu až 6 měsíců. Průměrná letní teplota ve vnitrozemí je asi o 5 °C vyšší než na pobřeží, kde dosahuje okolo 25°C.
Na západním pobřeží je díky Atlantiku nutné počítat s poměrně silným větrem, avšak na jižním pobřeží v provincii Algarve vane mírnější a příjemně osvěžující větřík.
Pohoří Serra de Estrela v zimě uspokojí i náročné lyžaře, kteří zde naleznou dostatečné množství sněhu.
Madeira je na severu deštivá a na jihu teplejší a sušší. Azory mají mírné klima s celoročními dešti a vanou tam silné větry.

Výskyt rostlinný a živočišných druhů se poměrně liší podle celkového charakteru krajiny, podle počtu srážek a teplot.
Na severu země vyrůstá bujná vegetace - dubové, bukové a kaštanové lesy, leandr, durman, vřesovec a pinie. V horských oblastech žijí kamzíci, kozorožci, kozy, divoká prasata a dráví ptáci, v některých oblastech dokonce jeleni, lišky nebo vlci. V národním parku Peneda-Geres pobíhají dokonce stáda divokých koní.
Ve středu a na jihu země rostou korkové duby, olivovníky, banánovníky, pomerančovníky a cukrová třtina. U śtí řeky Guadina se rozkládají bažiny.