Výskyt fauny se poměrně liší podle celkového charakteru krajiny a podnebí. V horských oblastech je možné spatřit kamzíky, kozorožce, kozy, divoká prasata a dravé ptáky, vzácněji i jelena, vlka či lišku. Poblíž hranic se Španělskem se nachází několik chráněných území a jediný národní park Penada-Geres, kde se vyskytují i divoká stáda koní.

Portugalský vodní pes

Kuriózní druh zvířete je tento portugalský „vodní pes“, který na první pohled připomíná pudla s jeho černou nebo hnědou srstí. Unikátní je, že má prsty prorostlé blánou, která mu umožňuje snadno plavat. Je schopný se potopit až do hloubky 6 metrů.
Odnedávna byl tento druh velkým přítelem rybářů, mohou se potopit pro rybu do velké hloubky, plavat od lodi s rybářskou sítí v tlamě a najít poničené sítě utopené ve vodě. V současnosti patří mezi téměř vyhynulé druhy. V národním parku Parque da Ria Formosa bylo nasazeno několik jedinců tohoto druhu. Existuje speciální program na chov a návrat do volné přírody.

Chameleon
Přísně chráněný středomořský chameleon – Chamaeleo chamaeleon nepochází z Portugalska. Tento bizarní 25 cm dlouhý živočich s nezávisle se pohybujícíma očima, jazykem delším než tělo a kůží měnící barvy podle prostředí se začalo přizpůsobovat životu v Portugalsku teprve před 70 lety. Pravděpodobně byl přivezen ze severní Afriky. Tento konkrétní druh, který se vyskytuje pouze v Evropě. V Portugalsku našel své útočistě především v provincii Algarve, kde žije na borovicích. Můžete ho zahlédnout v Parque Natural da Ria Formosa nebo v jehličnatých lesích Monte Gordo (6 km západně od Vila Real de Santo António). Chameleón přezimuje od prosince do března (jediný měsíc, kdy slézá dolů je období kolem listopadu, kdy klade vajíčka). Nejvíce je chameleon vidět na jaře časně zrána.